崇明东滩鸟类自然保护区共记录鸟类265种，其中水东滩候鸟保护区以湿地为生的鸟类一百四十种，国家重点保护鸟类34种;中国、日本和澳大利亚之间的候鸟及其栖息地保护协定的鹬类分别包括156种和54种。崇明东滩也是各种生物每年迁徙的必经之路。
崇明东滩是“鸟的天堂”，更是观鸟爱好者的天堂。景区除了加强生态保护以外，还以增强公众自然保护意识为己任，不断创新科普教育载体，营造人人参与观鸟、爱鸟的氛围。
景区以东滩独特的自然资源和生态系统，积极开展多种形式的中小学生和公众科普教育活动。2010年，东滩鸟类科普教育基地建成。保护区利用这个向公众免费开放的综合科普教育展示平台，向公众普及湿地保护、自然保护区、候鸟及其栖息地保护等相关科学知识。每当“世界环境日”、“世界湿地日”、“爱鸟周”等重要节点到来时，保护区将在周边学校和社区开展一系列宣传活动，结合多所中小学开展多种形式的暑期实践活动和校园科普活动。
